El Prelado es elegido por un Congreso electivo convocado a tal fin; su cargo es vitalicio, y la elección ha de ser confirmada por el Papa.
El Prelado debe ser sacerdote desde por lo menos cinco años antes de su elección. Puede designar un Vicario Auxiliar.
En sus tareas de gobierno de la Sección de varones, el Prelado cuenta con la ayuda de un Consejo General formado por el Vicario Auxiliar -si ha sido nombrado-, el Vicario Secretario General, el Vicario para la Sección de mujeres (llamado Sacerdote Secretario Central), tres Vicesecretarios, un Delegado de cada región (por lo menos), el Prefecto de Estudios y el Administrador General. El Vicario Auxiliar, el Vicario Secretario General y el Vicario Secretario Central tienen que ser sacerdotes. Un Procurador, también sacerdote, representa a la Prelatura ante la Santa Sede y un sacerdote Director Espiritual Central vela por la dirección espiritual común de todos los fieles de la Prelatura, bajo la dirección del Prelado y de sus Consejos.
La Sección de mujeres está dirigida por el Prelado con su Vicario Auxiliar (si lo hay), el Vicario Secretario General, el Vicario Secretario Central y el Consejo Central, órgano semejante al Consejo General de la Sección de varones y con análogas funciones.
Todos los directores o directoras de esos dos órganos son nombrados por ocho años (con excepción del Vicario Auxiliar).
El Prelado erige, de acuerdo con su Consejo, regiones o cuasi-regiones que son gobernadas por un Vicario Consiliario Regional nombrado por el Prelado de acuerdo con su Consejo; un Consejo Regional de cada Sección (similares en su constitución a los del gobierno central) le ayuda en sus tareas.
Todos los centros de la Prelatura erigidos canónicamente están gobernados por un director con su Consejo
. Entre el Vicario Regional con sus Consejos y los respectivos Centros puede haber, a veces, órganos intermedios llamados delegaciones, las cuales, divididas también en Centros, ayudan al gobierno de la Prelatura en el marco de una circunscripción territorial determinada que forma parte de la región.
Cada delegación está gobernada por un Vicario Delegado, que ha de ser sacerdote, ayudado por sus Consejos.
