Hipatia, protagonista de la misma, no fue asesinada siendo joven y hermosa, sino que murió en el año 415, a los 61 años de edad.
Hipatia no destacó por ser astrónoma, ni se adelantó a Kepler en más de mil años, sino que simplemente fue una filósofa de la escuela platónica. Esta es la única referencia histórica que existe sobre ella, y se debe al obispo cristiano Sinesio de Cirene, quien, al contrario de como le pinta la película, hablaba bien de ella.
Sinesio de Cirene, a quien la película muestra como traidor y cómplice en el asesinato de la filósofa, murió dos años antes que ella, por lo que es imposible que tuviera nada que ver con su muerte.
Hipatia también tenía buenas relaciones con otros cristianos, como es el caso del curial Amonio o del Patriarca Teófilo, así como de muchos cristianos fervientes que, contemporáneos con los sucesos, no dudaron en defender su personalidad. Como por ejemplo, Timoteo, en su Historia Eclesiástica.
Un cristiano, Sócrates Escolástico, en su Historia Eclesiástica (VII,15), escrita con posterioridad a la muerte de la alejandrina, la encomió como "modelo de virtud".
Hipatia no fue virgen "para ser igual que un hombre y poder ejercer una profesión con plena dedicación", como ha declarado la protagonista de la película, sino porque, coherente con su filosofía platónica, ejercía la "Sofrosine" (el dominio de uno mismo a través de las virtudes, entendidas como el control de los instintos y las pasiones).
La mujer no fue libre en Grecia y Roma hasta que llegó el cristianismo y la sometió la sujeción del hombre, como quiere transmitir la película, sino que en Grecia la mujer era considerada como un objeto más de la casa, y en Roma no era una «sui iuris», es decir, titular de derechos, sino que era considerada "capiti diminutio", como un niño o un incapacitado y, por tanto, estaba sometida a la tutela o la "manus" del padre o del marido.
Por el contrario, fue el cristianismo el que consideró al hombre y a la mujer iguales en naturaleza, pues ambos son hijos de Dios y hermanos en Cristo; y prueba de ello es que las primeras manifestaciones de mujeres libres autodeterminándose, pese a la voluntad de sus padres o del estado, fueron las primeras mártires cristianas víctimas de las persecuciones romanas, tales como Santa Inés, Santa Ágata o Santa Cecilia.
El paganismo, los clásicos griegos y romanos, confieren a la mujer un papel subalterno y esencialmente doméstico y para nada vinculado a las instituciones públicas, excepto en determinados y específicos cultos religiosos. Es decir, Hipatia es el resultado de la evolución de una sociedad influenciada de manera creciente por el cristianismo.
Hipatia nunca fue directora de la Biblioteca de Alejandría, ni ésta fue destruida por los cristianos, sino que fue incendiada por Julio César, saqueada como el resto de la ciudad por Aureliano en el año 273, y rematada por Diocleciano en 297.
En el año 391 fue destruido lo que quedaba del templo del Serapeo después de la destrucción por los judíos en tiempos de Trajano, y también el repaso que le pegó Diocleciano, quien, para conmemorar la hazaña, puso allí su gran columna, razón por la cual los cristianos lo destruyeron, ya que él era el símbolo de las persecuciones que sufrieron durante trescientos años.
El paganismo siguió existiendo en Alejandría hasta que llegaron los árabes. Concretamente, el neoplatonismo siguió floreciendo allí hasta varios siglos después de la muerte de Hipatia: la escuela platónica de Alejandría continuó funcionando con normalidad durante más de 200 años, hasta que lo recuperó el Renacimiento cristiano. Su más brillante exponente fue San Agustín, coetáneo de Hipatia.
La historia de Hipatia ha sido objeto de una recurrente manipulación, con el fin de atacar a la Iglesia, desde la Ilustración hasta la actualidad.
La verdadera historia de Hipatia se ha transformado artificialmente en la leyenda del "Crimen de Alejandría", cuyo protagonista principal es el obispo San Cirilo. La atribución directa a este último del asesinato de Hipatia se debe al escritor pagano Damascio, último escolarca de la Academia de Atenas y autor de la "Vida de Isidoro" (una apología del paganismo de finales del s.V y principios del s.VI), quien exiliado en Persia tras su cierre por orden de Justiniano, y dispuesto a azuzar las maledicencias contra San Cirilo, a quien tuvo por rival -en un tiempo de rivalidades religiosas fortísimas y extremas-, le atribuyó el homicidio sin más fundamento que sus propias conjeturas..
El maltrato y la muerte de Hipatia no es imputable a los cristianos, como tampoco lo es a San Cirilo de Alejandría. El origen de tal acusación se debe, como se ha señalado antes, al pagano Damascio, enemigo acérrimo de San Cirilo
Gonzalo Fernández, en su obra "La muerte de Hypatia", del año 1985, a pesar de la ninguna simpatía que manifiesta hacia el santo, concluye en que "ninguna de las fuentes sobre el linchamiento de Hipatia alude a la presencia de parabolani entre sus asesinos".
El mismo San Cirilo, que lamentó y reprobó el crimen de Hipatia, amonestó enérgicamente en su Homilía Pascual del 419 a la plebe alejandrina, dada a participar en turbamultas feroces y sanguinarias como la que puso desdichado fin a la vida de la filósofa.
